真菌分子鉴定

真菌培养图

典型的三个靶区扩增结果

真菌菌种分子鉴定及DNA解析

    真菌基因组中编码核糖体RNA的基因有4种，26S rDNA、5S rDNA、18S rDNA和5.8S rDNA。真菌大亚基上的26S rDNA分子，可分为D1、D2…D12等多个区域，其中D1/D2区域序列长度适中，适合于真菌鉴定。是目前流行的真菌分子鉴定和系统发生分析标记。
    真菌的ITS (Internal Transcribed Space) 基因，包括ITS1及ITS2两部分，进化速度快，具有多态性，适于对亲缘关系较近的菌株进行区分鉴定。利用rDNA的保守序列设计引物，PCR扩增未知真菌的26S rDNA D1/D2区或ITS区，测序后与GenBank中已知的序列进行同源性比较，将未知真菌鉴定到属或种。

服务内容

l真菌26S rDNA D1/D2区序列解析

     PCR扩增真菌26S rDNA D1/D2区片段，长度在500~600 bp左右，只需进行一个测序反应，即可得到26S rDNA D1/D2区序列信息。该方法尤为适合对酵母菌进行鉴定。

l真菌ITS区(包括ITS1、5.8S rDNA、ITS2) 全序列解析

      PCR扩增真菌ITS区片段，长度在300~1,000 bp左右，依据PCR扩增片段的长度，进行一个或两个测序反应，即可得到ITS区全序列信息。

l真菌18S rDNA区(包括ITS1、5.8S rDNA、ITS2) 全序列解析

     PCR扩增真菌18S区片段，长度在1.5K左右，进行两个测序反应，即可得到18S区核心序列信息。

特别说明：

  对于某些真菌，其26S rDNA D1/D2区或ITS区结构复杂，进行一个方向的测序往往不能得到全序列，需要同时进行反方向的序列测定。

服务说明

1. 目前我们接收的样品形式为：

          基因组DNA：样品浓度≥10 ng/μl，总体积≥20 μl。
          丝状真菌：液体培养的菌丝，菌丝要保证新鲜，且经过分纯无其它菌体污染。
          酵母类真菌：斜面或平板形式的分离纯化后的新鲜单菌落。
2. 对于某些真菌，使用试剂盒常规方法破壁困难，建议您最好提供基因组DNA。
3. 如果因实验样品不纯造成的测序套峰，本公司将收取全额实验费用。